福建省第二人民医院儿科是福建中医药大学本科、硕士、博士的教学单位，拥有国务院特殊津贴专家、国家级和省级老中医药专家学术继承人指导老师、博士和硕士研究生导师、福建省百千万人才等中西医专家多人。形成以小儿肾脏病、生长发育专科（小儿内分泌）、过敏性疾病、儿童保健和新生儿专科为特色的临床专科专病，采用中西医结合、内服外治结合的诊疗方法，临床疗效显著，荣获多项省部级科技成果奖。

小儿肾脏病专科：郑健主任医师牵头的研究团队，应用中西医结合的方法治疗小儿肾脏疾病，临床疗效显著，科研硕果累累，其成果位居全国领先水平。

小儿生长发育专科：为医院特色专科，是省内最早开设的儿童生长发育专科门诊之一，应用中西医结合方法诊治小儿生长发育异常（生长发育落后、身材矮小、性早熟、青春期延迟等）、肥胖症伴代谢综合征和甲状腺疾病等内分泌疾病，临床疗效确切，在省内外具有较高的声誉和影响力。最早在我省开展由专科医生结合病史精确评估骨龄，至今为止，已精准评估骨龄2万余例，位居同行前列。专科主持了2016年中华中医药学会发布的《中医儿科性早熟诊疗指南》修订工作。长期以来，专科每年定期举办生长发育相关科普公益讲座，为中国儿童生长发育健康科普示范基地。作为中国红十字基金会成长天使基金合作医院，专科将持续为符合条件的孩子申请免费救助。专科团体成员：李淑闽主任医师、杨文庆主任医师、宋郁河副主任医师、郑怜玉主治医师、陈冬梅主治医师。周一到周日每天上午均安排有专科门诊。

小儿过敏性疾病专科：应用中西医结合、内服外治的诊疗方法治疗小儿哮喘、鼻炎、慢性咳嗽等过敏性疾病，临床疗效显著，深受患儿好评。

儿童保健专科：为儿童提供系统保健，如体格生长发育监测、智力及心理测评、骨龄评测及成年身高预测、身高促进、营养评价、喂养指导、常见儿童疾病的防治、小儿中医体质调节，小儿发育行为问题的咨询与矫治等。

新生儿专科：按《中国新生儿病房分级建设与管理指南》的II级新生儿病房的要求进行建设与管理，可收治新生儿常见病、多发病：新生儿高胆红素血症、新生儿溶血病、新生儿肺炎、新生儿败血症、新生儿窒息、早产儿、小于胎龄儿、糖尿病母亲婴儿、颅内出血、新生儿出血症等。采用中西医结合的方法诊治新生儿疾病，临床疗效显著。