福建中医药大学附属第二人民医院肛肠科为国家中医药管理局“十二五”重点专科，福建省中医重点专科，是一个硬件设施完善，技术力量雄厚，中医特色鲜明，具有独特专科疗法，集临床、科研、教学为一体的肛肠专科。

目前专科拥有医师9名，其中主任医师1人，副主任医师3人，主治医师3人，住院医师2人，其中硕士生导师2人，具有硕士研究生学历5人。护理人员13人，逐渐形成一支经验丰富、人员梯队结构合理的临床队伍。目前是中国女医师协会肛肠专业委员会副主任委员单位与中国民间中医医药研究开发协会肛肠分会福建工作部副主任委员单位。学术带头人叶玲主任医师系国家级老中医药专家，福建省名中医，全国中医肛肠学科名专家，中国女医师协会肛肠专业委员会副主任委员，美国中医药学会高级顾问，中华中医药学会肛肠分会常委，福建省中医药学会肛肠分会副主任委员。

专科开放床位44张，为独立的病区，配备中医特色综合治疗室、中药治疗熏洗室等，环境优美、整洁、安静、宽敞、舒适，堪称省内一流，同时配备有各种先进医疗设备，包括电脑肛肠检查治疗系统、生物反馈治疗仪、肛肠腔内治疗仪、微波治疗仪、激光坐浴机、红光治疗机、电脑肛肠药物熏洗椅等。拥有苦参清热洗剂、紫芨油等多种院内制剂。

治疗上以中西医结合协同手术治疗为主，在术式设计与治疗方案上均独具特色。目前开展的特色手术治疗有开环式微创痔吻合术（TST 术）、吻合器痔上粘膜环切术(PPH术) 、超声多普勒引导下痔动脉结扎术、环状混合痔分段齿形结扎术、视频肛瘘镜辅助下治疗肛瘘、高位复杂性肛瘘低切高挂旷置引流术、消痔灵注射治疗直肠脱垂及直肠内套叠、中药保留灌肠治疗结肠炎、中药直肠滴入治疗便秘等。在肛肠复杂疑难病的治疗上，如环状混合痔、高位复杂性肛瘘、出口梗阻性便秘等，手术水准达到省内领先、国内先进水平。在治疗肛肠常见外科病的同时，注重对肠道的中医调理，在各类型便秘尤其是出口梗阻性便秘的中西医结合综合治疗上有独特之处，坚持辨证施治、施护，既强调整体观念，又强调微观识病。