针灸科于1990年成立，是集医疗、科研、教学为一体的，具有中医传统特色的重点科室之一，是国家中医药管理局针灸学重点学科、福建中医药大学针灸研究所，福建省临床重点专科建设项目。学术带头人吴明霞教授传承了全国名中医黄宗勗教授针药并用的理论，并继承了原省针灸学会会长、福建中医药大学针灸学院院长吴炳煌教授的学术思想及浅针等特色疗法，现任福建省针灸学会副秘书长、常务理事，中国针灸学会临床分会常务委员，中国针灸学会腧穴分会委员.

专科以膝关节骨性关节病作为业务发展方向，以面神经麻痹、膝关节骨性关节炎、腰椎间盘突出为3大优势病种，近3年来充分发挥学术带头人的临床经验、学术思想作用，不断优化具备专科特色的诊疗方案，在原有专科经验方的基础上新创院内制剂透骨消痛胶囊及中药外用熏洗Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ号方、神灸灵等院内协定处方，新增浅针、穴位埋线、小针刀等中医特色疗法。