耳鼻咽喉科于1990年成立，是福建省中医药学会耳鼻咽喉分会挂靠单位，福建中医药大学中西医结合耳鼻咽喉科硕士培养点。专科以耳鼻咽喉疾病的临床与实验研究为主要研究方向，坚持中西并重，突出中医特色的科室发展理念，设门诊、病区及鼻内镜室、电子鼻咽喉镜室、听力室、眼震检查眩晕治疗室、中医综合治疗室等，开展各类耳鼻咽喉专科手术，包括耳显微镜耳内镜下鼓室成形术、听力重建术，鼻内镜鼻窦手术、低温等离子扁桃体、腺样体切除术、腭咽成形术、喉显微手术等。同时积极开展中医非药物特色治疗，包括慢性扁桃体炎中医烙治，过敏性鼻炎贴敷治疗、割治疗法，耳鸣中医五音治疗等。在耳源性眩晕诊断及治疗方面居省内先进水平。