福建中医药大学附属第二人民医院肛肠科为国家中医药管理局“十二五”重点专科，福建省中医重点专科，是一个具有独特专科疗法、中医特色鲜明的肛肠专科，在国家中管局、省卫计委和医院的大力支持下，积极开展中医特色的诊疗工作。

专科目前拥有医师10名，其中主任医师1人，副主任医师1人，主治医师6人，住院医师2人，其中具有硕士研究生学历4人，护理人员14人，逐渐形成一支经验丰富、人员梯队结构合理的临床科研队伍。专科核定床位38张，实际开放床位40张，位于我院病房楼五楼，为独立的病区，配备中医特色综合治疗室、生物反馈治疗室、中药治疗熏洗室等，环境优美、整洁、安静、宽敞、舒适，堪称省内一流，同时配备有各种先进医疗设备，包括电脑肛肠检查治疗系统、痔动脉结扎超声多普勒诊断仪、生物反馈治疗仪、肛肠腔内治疗仪、结肠水疗仪、微波治疗仪、电动手术床、心电监护仪、电脑肛肠药物熏洗椅、激光坐浴熏洗椅、高频电刀、自动升降检查床、冷光源乙状结肠镜等。